تأسست جمارك دبي سنة 1900، وتُعد من أقدم الدوائر الحكومية، حتى أن العديد من الدوائر الحكومية الحالية اتخذت في السابق مكاتب لها في مبنى الجمارك القديم، وكانت تُموَّل من الإيرادات التي تحصلها الجمارك إلى أن تطورت تلك الدوائر واتخذت لها مبانٍ مستقلة.
مرت الجمارك عبر تاريخها الذي يمتد لأكثر من مائة عام بعدة مراحل إلى أن دخلت بدايات التوجه المؤسسي في عهد الشيخ راشد بن سعيد آل مكتوم، والذي استخدم الدور الأول من مبنى الجمارك مكتبًا رسميًا له لإدارة شؤون دبي، الأمر الذي يعكس أهمية الجمارك ومكانتها في الإمارة التي عرفت واشتهرت بتجارتها وتجارها.